De keuze van het filtermateriaal is belangrijk. Men verkiest een groot oppervlak maar het materiaal mag niet verstoppen. Een goed filtermateriaal weegt oppervlakte voor groei van bacteriën af tegen gevaar voor verstopping. Zand heeft bijvoorbeeld een groot oppervlak maar geraakt zeer snel verstopt. Bij verstopping wordt de doorstroming beperkt, evenals de toevoer van zuurstof. Zo'n materiaal vergt te veel onderhoud. Betere filtermaterialen zijn Matala filtermatten en Clinopti Plus filtermineraal.
